煮沸消毒もされていますので、浸け置きの臭いというより、飼い主さんのおっしゃるようにうさちゃん自身のにおいが消えていることからの変化と考えられるようです。
飲み水はうさちゃんにとってもとても重要ですから、ひとりでも飲むことができる環境を与えていただくことが必要です。ボトルを使ってくれるまで、器などと併用して与えていただくとよいと思います。ひっくり返されないようにある程度重さのある入れ物や、固定式のフード入れを水入れとして使用するほか、お使いの給水ボトルと同じものを、洗い替え用としてもうひとつ準備いただくこともよいと思います。