そうですね、生後３ヶ月とのことですが、まだまだ体を作っていく大事な時期だといえると思います。この時に充分な栄養素を取り入れて、体を作っていくわけですから、ショップのアドバイス通りに、制限することなく食べ放題の条件でよいのだと思います。ただし、注意点もあるのです。いくら食べ放題とはいっても、朝晩に餌を与えるときにその餌入れが空っぽになっている量が、そのうさぎさんの適量だといえるのです。これはその子その子で必要な量が変わってきますよね。ですから、みほ様のうさぎさんの適量をしっかりと見極めていただいて、与えていただくことが大事だともいえますよ。夜にあげたペレットが、朝に残っているというのは、与えすぎともいえると思います。朝になれば新しいペレットと入れ替えるわけですから、無駄な与え方をしているともいえるのかもしれません。
そして、ペレット量の制限は、生後４～５ヶ月頃からでよろしいかと思います。その場合は、飼育書やペレットの説明文などを参考に制限してあげるとよいと思いますよ。そして、肥満を気にされているようですが、ただ単に体重だけでは判断できないこともあります。骨格や肉づきなどでその子のベストな体重が変わってきます。獣医師など専門家にチェックしていただくと目安がわかるかと思いますよ。