きちんと診断もしていただいているようですが、原因が特定できないというのは大変心配ですよね。菌などや寄生虫などでもないようですものね。飼育環境自体に問題がないかも見直してみてくださいね。牧草の埃やチリ、トイレの汚れなど、ケージ内の環境が充分であることが基本ともいえると思います。
そして獣医師から餌によるアレルギーが心配されているようですので、これはやはり担当の獣医師にきちんとアドバイスいただくことが必要のようです。現在の食生活、ペレットに限らず全体を見直していただいて、そこから原因を導いていただくことになるようですね。確かにペレットひとつとっても、たくさんの種類がありますから迷うところですが、現在の食事内容の何が原因でアレルギー症状が出ているのかがわからないと、簡単にはこれがよいですとはいえないですからね。あまりお力になれなく、申し訳ございません。