うさぎさんの体つきや、成長度合などは、やはり個体差が顕著に現れると思います。大きくなる子は、もともとのサイズ（親からの遺伝など）が大きく成長するような個体ということだと思いますね。ですから子供の時期に与える餌の量で大幅に変わるということではないようです。この時期に多くの餌を与えたからといって、体が大きくなった理由には値しないと思います。そして反対に、この時期はしっかりとした体の基礎をつくるためにも、十分な栄養素が必要ですからね。
生後２ヶ月のうさぎさんであれば、ペットショップ様のご意見通り、ペレットの量は制限されなくてよいと思います。飼育書などで紹介されている体重の３％という量は、成長期のうさぎさんではなく、体の成長も安定した大人うさぎさんに該当する値だといえると思いますよ。
ですが、ペレットは食べ放題だとはいっても注意はあります。いつでも山盛りの量ということではなく、次に与える餌の時間に、ちょうど食べきれる量が理想です。なつ様が与えていらっしゃる量こそが、なつ様のうさぎさんの適量といえると思いますね。朝夕とペレットを与えるときに餌入れが殻になっている量がその子の適量といえますから、まさにその通りです！
そして、牧草ですが、こちらはある程度の制限が必要です。子うさぎのような成長期に、より多くの繊維質を取ってしまいますと、ペレットからなどの栄養を十分にとれずに成長不良（繊維質ですので排泄されやすく、他の栄養を十分吸収出来なくなります）を起こす子もいるようですので注意が必要なのです。
食事量の制限は生後４～５ヶ月頃からを目安にしていただいて、ペレットは体重の３～５％程度、そして牧草は、食べ放題の環境を作ってあげるとよいですね。そしてチモシー一番刈りや二番刈りなどに移行しながら、三番刈りやアルファルファ牧草などはおやつなどに少量という与え方にしてあげるとよいと思いますよ。