夜と外出時以外は、放し飼いの環境のようですので、その自由に行動できる範囲の中が、自分の縄張りととなっていて、その縄張りの中にトイレの場所を決めてしまっているようです。ですから、小屋やケージの中にはトイレの場所があるという概念がなく、外に出されてトイレの場所に行けるまで我慢してしまうのだと思います。小屋やケージの中でトイレをしてほしいというのであれば、うさぎさんの縄張りを小屋やケージの中に持たせることが必要です。放し飼いではなく、小屋やケージを含めた制限した行動範囲を提供してあげながら、場合によっては小屋やケージから出さずに様子を見ることなどにもなるでしょう。始めは我慢することでしょうが、それを乗り越えないと、トイレの使い方はなかなか変わらないかとも思います。我慢させるなんて・・ということでしたら、夜や外出時も同様の環境を与えてあげるということになるのだと思います。ただし、危険のないように、徹底的に環境を整えることになります。危険物は排除すること、サークルやネットなども上手につかい、一定の空間だけで過ごさせてあげられるような工夫をしてあげることが必要だと思います。そして、豆類などは（生のマメ）中毒を起こす場合があるようですのでお気を付けいただきたいと思います。うさぎ用のおやつとして販売されているものであれば、適切な処理もされているでしょうから、与える量に気を付けていただくことが注意点といったところでしょう。