基本的にはやはり別々のケージでの飼育方法をお考えいただきたいと思います。なぜならうさぎは、自分が快適な環境を自ら作ろうとする習性があり、それは縄張り関係でも同様だからです。うさぎを一国一城の主人にする事が飼育の基本という事です。（もちろん飼養の仕方、スペースのあり方によってはそれがあてはまらない事もあります。）
これに伴い、部屋に放すときも別々にしてあげたほうがよいと思います。性別がわからない状態で一緒に放すことは、子供ができてしまうこともありますので要注意です。また個体差もありますが生後３～４ヶ月頃からうさぎさんの思春期といわれる行動をとるようになり、自分の優位を決める方法として、マウンティング行動が見られたりします。これは雄同士、または雌同士でも見られる行動ですが、上にのられた弱い子はストレス状態になるようです。この我慢が後に反撃行動となって喧嘩に繋がる場合もあります。特に弱い方の子が反撃に出た時に大きな喧嘩になる場合があるようです。こういったストレスとなりうる要因は、早めに考えておくことも必要かもしれません。
また２羽一緒にいることで、ウーピー様ではなくお互いに感心を持ってしまっていることも考えられますよ。１羽ずつコミュニケーションをとってみることは、とても有効的な方法だと思います。頑張って下さい。