ケージの床面がすのこで、その上に新聞紙を敷いていらっしゃるようですが、トイレの場所も一定ではないようですので、まずは新聞紙を外してあげることがよいと思います。すのこの場合でも、おしっこや糞などはその下に落ちてくれるともいえますので、新聞紙などを敷いた場合よりはうさぎさんの足裏やお尻などは汚れにくくなるともいえると思います。もちろん、すのこよりも下網のほうが、よりおしっこを下に落としてくれますので、トイレがなかなか一定の場所に決まらないなどという場合には、こちらに替えてあげることもよいでしょうね。そしてうさぎさんの体の汚れも、きれいにしていただきたいと思います。ひどい汚れの場合には、小動物用のシャンプーを使って部分的に洗ってあげることや、グルーミングスプレーなどを利用したり、もしくは、濡れタオルなどできれいにしてみることなどからチャレンジしていただくと不安も少ないかもしれません。うさぎさんのケージの中に、隠れ家となるようなハウスを入れてあげることはよいことです。うさぎさんは暗かったり、狭かったりするところが好きだったりもしますので、小さなころからこれらがある環境であれば、体の成長に合ったハウスなどを入れてあげるとよいと思います。段ボールなどの素材の場合には、うさぎさんが囓ってしまわないことが条件になるかと思いますので、できれば囓っても安心できる素材の木製品やわら製品のハウスなどが望ましいと思いますよ。