何で汚れているのかによるので、先ずそれを確かめてください。要はおしっこか糞かです。
　おしっこで汚れている時には、１：トイレにプラスチックの床の物を使っていないか、２：ケージの床におしっこがついていないか３：失禁はないか（これはおもらしと思ってください。）を見ます。糞で汚れている時には、４：軟便か５：盲腸糞で汚れているのかを見ます。軟便は盲腸糞より柔らかくすのこやお尻の裏にぺったりくっつきます。盲腸糞の時には、６：肥満がないか、７：下半身の動きは問題ないかをみて下さい。これをみてくれれば、なにが原因なのかわかるのではないかと思います。
１～７について対応策の要点を書きます。
１：プラスチックのトイレ床で少し穴が開いているものは、お尻や下半身を汚す可能性があります。金網式トイレ（http://www.rabbittail.com/shop/list_toi.html）をおすすめします。
２：おしっこのしつけが出来ていない子ですのこ、プラスチック床の子は、お尻や下半身を汚す可能性があります。金網床に部分的すのこをお勧めします。
３：尿路系の問題や、排泄器の問題がある場合など尿失禁があることがあります。症状は排泄器まわりが汚れる、ただれるもので元気はあります。この場合獣医師に相談してください。取りあえず清潔にするには、OYKグルーミングスプレー（http://www.rabbittail.com/shop/list_guru.html）がお勧めです。
４：軟便の場合は、お腹の調子が良くないのかもしれません。獣医師に相談して病気でないか確認してください。おすすめ商品としてうさぎの納豆菌（http://www.rabbittail.com/shop/list_fuku.html）がおすすめです。多くのリピーターがいます。
５：盲腸糞の場合、生活リズムが乱れていないか気をつけてあげて下さい。また、肥満で食べれない事もあります。
７：下半身の動きが鈍い子もお尻が汚れます。これも気になれば獣医師に相談してください。
先ずは、もぅ少し原因を探ってみてください。