トイレのしつけもそうですが、軟便が多い状態というのは、うさぎさんのお腹の調子がよくないしるしだと思います。まずはこの軟便がなくなるようにしてあげることが先決かも知れませんね！お腹の調子を整えるのに有効的な商品は、うさぎの納豆菌やアリメペット・乳酸菌になるかと思います。こちらで様子を見ていただいてもよいかも知れませんが、あまりに頻繁にでるようでしたら、病気の可能性がないか一度獣医師に診ていただいてもよいかもしれません。
また、糞を踏んでしまうようですので、できればケージの床は金網などで糞やおしっこが下に落ちるような状態が好ましいと思います。そこに部分的にすのこやプラマットなどを取り込み、コバヤシ様のうさぎさんの好みのお部屋にしてあげると、トイレのしつけなどもしやすいかと思います。またケージ底面にシーツをお使いで、臭いがひどいようであれば、シーツの上にトイレ砂を軽く置くだけでも脱臭効果はあると思います。トイレ砂は水分を吸収してふくらみますので、少量の使用量で効果的です。よくおしっこをする場所などに重点的に置いてみてはいかがでしょうか？
しつけに関しては、まずどの場所でより多くのおしっこをするかよく観察して下さい。そこにトイレとなる物を設置してしばらく様子をみてみましょう！この時うさぎさんの糞やおしっこのにおいのついたものを入れて、この場所がトイレだよ！と教えて下さいね！トイレのしつけは個体差がありますので、時間がかかるかもしれませんが、きっと覚えてくれることと信じて、頑張って下さい。うさぎさんによっては好みがあって、トイレの形や大きさで覚えたり、また食べながら排泄するという傾向もあります。そういった場所があればそこにトイレを置いてみるなど、いろいろ試されて、うさぎさんのトイレの場所を見つけてあげて下さい。