とても珍しいともいえるご質問ですね。怒られたことで学習したともいえる賢いうさぎさんのようですね。そして、ケージの中のトイレを、自分の排泄場所だとしっかりと認識しているのでしょうね。これは飼い主さん側からみれば、とても理想的な状態でもあるといえるでしょう。
ケージの外で遊ばせるときには、ケージにもどれば排泄できるわけですから、あまり心配はないでしょうね。遊ばせる時間と範囲をきちんと管理してあげることでクリアできると思います。ただし、ほると様がおっしゃるようにキャリーなどで移動しているときに我慢してしまうということは、心配のひとつなのかもしれません。こういった場合には、極力短い時間で移動が済むようにしていただくとよいのかと思いますね。
トイレのしつけで考えてみると、ちょっとしたことからその使い方が変わったりすることも少なくないですので、決まった場所以外で排泄する場合も、今後は出てくることも充分に考えられると思いますよ。