そうですね、始めは上手にできていたのですから、なぜトイレを使わなくなったのか？と頭を悩ませることでしょう。お気持ちお察し致しますよ。
きっと、ケージの外の環境を含めて、縄張りができてしまい、ケージ自体がトイレといった使い方になったのかもしれませんね。もちろん、においつけの意味で、ケージの外のあちこちにおしっこや糞をすることは、うさぎの行動から考えれば自然なことなのですよね。そこをどうしつけていくのかということになるのだと思います。
まず、ケージの中の使い方を今一度よく観察してみてください。ケージ内のあちこちでしているということでも、その中でもよくおしっこする場所などはないでしょうか？一カ所をトイレと定めることが多いですから、うさぎさんなりに決めている場所があるかもしれませんよ。そしてトイレが寝床のような役割になってしまっているようですから、トイレ以外に寝床となるものを与えていただくことがよいのだと思いますね。この場合、トイレの場所となるところにはトイレ、その場所以外にくつろぐ場所を提供してあげることが大切になりますので、まずは使い方をよく観察するところからですね。
そして、ケージから出してあげる際も、その範囲や時間なども見直してみましょうね。はじめは汚れてもよい環境を準備してあげることもよいのだと思います。そのほうが飼い主さんの気持ちにもゆとりがもてますから、うさぎさんの行動をよく観察できるともいえるでしょうからね。ビニールシートなどの上に、マットなどを敷いてあげたり、壁などは、ビニールや段ボールなどでカバーしてあげるとよいと思います。
新しい環境にきてまだ間もないですから、これからうさぎさんの生活や行動が決まっていくのだと思います。まだまだこれから変化することのほうが多いですから、気持ちを大きくもっていただいて、見守っていただきたいと思いますよ。しつけはその子その子で覚え方も時間も異なりますから、焦らずにお二人（？）のペースで試みていただきたいと思います。