うさぎさんが自由に動くことができる範囲がサークルで仕切ってある環境のようですね。その中にまずトイレがあり、そして出入りが自由にできる段ボールの部屋の中にもトイレがあるという飼育環境と読み取れます。おっしゃるように２つのトイレがあるということですので、うさぎさんが両方をトイレとして認識してくれるのか、もしくはいずれかを選ぶのか、そのどちらでもなく両方とも使わないという状況が考えられます。普通はひとつのトイレを与えることが多いわけですが、はじめから２つあるという状況の場合、うさぎさんが覚えにくいというよりも、選択肢が広がるという解釈ができるのだと思います。まして、内容を拝見する上では、普段からサークルに出られるような印象がありますから、広範囲の中の好きなところに決められる状況だといえるのだと思います。その結果、サークルの中のトイレに決めつつあるのではないでしょうか。場所やトイレそのものだけの問題でもなく、今の飼育環境全体の中で自分の縄張りを決めつつあるのだと思います。今後としては、サークルをケージとして考えているというのであれば、段ボールの部屋を遊び場というような解釈にしていただいて、トイレはサークルの中ひとつだけとしてもよいのかもしれません。ただし、床面には工夫が必要になると思います。うさぎさんが滑らないような工夫や、排泄物で汚れてしまわないような環境を考えていただくことは必要でしょう。そういった面で考えれば、やはりうさぎさん専用のケージが一番適しているともいえるのだと思います。段ボールを一時的な環境として与えてあげる分にはよいのかもしれませんが、齧ってしまったり、トイレが一か所に定まらなかったりすることで、排泄物で汚れやすい環境にもなってしまいます。ケージを取り入れていただいて、その中にトイレを置き、サークルに放す時はある一定の時間だけという制限のある飼育環境を与えていただいて、どう縄張りを決めてくるのかということを観察していただければよいのだと思います。今のままでサークルを用いた飼育環境作りを行うという場合には、今のままではなく、より快適な飼育環境を考えてあげることが必要になってくると思います。うさぎさんがどう過ごしているのか、どう改善していけばよいのかということは、よく観察することがとても大事になってきますので、これからもうさぎさんとのコミュニケーションの時間をとっていただきながら、快適空間を与えていただきたいと思います。