トイレの場所がまだ一定でない場合ですと、確かにいろいろなところにおしっこのにおいがあるようでは、なかなかトイレの場所も決まらないのかもしれません。座ぶとんやハウスなど、天然素材のものは、おしっこなど水分を吸収してしまいますから、ちょっと拭いたぐらいではにおいは取れずに残っているでしょうからね。汚れた時点できれいに洗ってあげることと、洗い替え用に複数用意していただければ、うさぎさんも気持ちよく使ってもらえるのかもしれません。もちろん衛生的にもよろしいですしね。
天然素材を洗う場合は、洗剤などは使用せずに、お湯でしっかりと洗うことが必要です。最後には熱めのお湯をかけていただいて、天日にしっかりと干してくださいね。そしてペット用の消臭剤を仕上げに使用していただくことが理想的だといえると思いますよ。
ケージの中の使い方も、まだ定まっていないような印象もありますので、まずはうさぎさんがどう過ごしているのかをよく観察していただくとよいでしょうね。うさぎさんの行動からしつけのヒントとなることが得られたりしますからね。