サークルのレイアウトが変わったことから、うさぎさんの様子にも変化が見られたということですよね。広さが変わった訳ではないのだと思いますが、今までとは異なった環境になってしまったわけですから、うさぎさんにとって縄張りに変化が起きたといえることだと思います。うさぎさんはいつもと同じという環境に安心しますので、変化があった自分の縄張りに慣れていないということなのかもしれませんよ。
さて、ご質問のレイアウトの変更についてですが、やみくもに変えてしまうことはあまり好ましくないともいえるのかもしれません。その度にうさぎさんが混乱とまではいかないにしても、戸惑うことは充分に考えられますから、それがストレスに繋がる場合もあるといえると思います。ですが、新しいおもちゃを与えたりするということでも、今までとは異なる環境に繋がるわけですので、それが悪いということでもないのです。新しいものはうさぎさんの好奇心をくすぐらせますからね。では、どうしたらよいのか、これはそのうさぎさんの性格などで、対処方法が変わってくるのかもしれませんね。より保守的なうさぎさんの場合には、あまりレイアウトを変えることなく、安心できる環境を提供してあげることが一番でしょうし、好奇心旺盛で、元気いっぱいといううさぎさんならば、少々レイアウトを変えてもストレスには繋がらないのかもしれません。そして、レイアウトを変えるときは、うさぎさんの様子を見ながら、そしてやさしく声を掛けて驚かないようにしてあげるとよいと思いますよ。新しい環境になっても、時間が立てばそれが当たり前の環境となっていきますので、ゆっくり見守ってあげることがよいでしょうね。
そして、サークルの中には、うさぎさんが好きなもの、興味のあるものを入れてあげてください。それを上手に使いながら？！遊ぶと思いますよ。もちろん自分のものだと、においつけもするでしょうしね。また、飛び上がったり、走り回ったりすることが多いうさぎさんなのであれば、そうできるような環境に近づけてあげるとよいのだと思います。ただ、うさぎさんは自分の縄張りの中のものをちゃんと把握していますので、それをさけながら上手に走ることでしょうね！