震えているという表現なのですが、果たしてどういった意味があるのでしょうね。
まず考えられることは、運動の後に見られる様子でもありますから、一定の場所に落ち着いて、呼吸を整えているということではないでしょうか。ケージに戻る場合ですが、うさぎさんが自ら戻っているのでしょうか？それとも、飼い主さんが戻しているのでしょうか？このことからも、見解は違ってくるかもしれませんね。ケージに戻される前後の行動に、うさぎさんが苦手とすることなどがあるのであれば、文字通り震えるなどして、怖がっているとも考えられますからね。うさぎさんの行動全体を見ていただいて、何を伝えようとしているのかを探ってあげてください。その中で、ストレスとなりうる環境があるのであれば、排除してあげることも大切です。
そして、体重が多くなっている印象もあるようですから、一度健康診断を受けてみることもよいかもしれませんね。この震えがなにか体のトラブルのサインでないかも診ていただけますし、今のうさぎさんにあった餌の適量もアドバイスしていただけるかとも思いますからね！