そうですね、お留守番していた時にトイレの使い方に変化が起きたといった印象ですね。きっとトイレがいっぱいになったことで、他の場所にも排泄するようになり、そのことが意味のあるものになってしまっているのかもしれませんね。
まずは、トイレ以外の場所では、徹底的におしっこのにおいをとってしまうことがよいと思います。今までは拭いたり消臭剤などでにおいをとっているようですが、しっかりと洗って、天日で干してあげることがよいと思いますよ。もちろんトレーも丸洗いしていただきたいですね。そしてすのこ部分を新しいものを使ってみることもよいと思います。ケージの中を新しい環境にしてあげることで、うさぎさんもケージの使い方が変わることもありますからね。
そして、ただ単に排泄するだけではなく、縄張りの主張やにおいつけの意味がありますから、年齢から見ても思春期などの行動とも捉えられそうです。この場合には、オスうさぎさんとの関係性を見直してみることも大切ですよ。お互いの縄張りはどうなっているのか、常に確認できるような環境で生活しているのかなど確認していただきたいと思います。
食事の仕方に関しては、年齢に伴って量や食べ方が一定してくることも考えられますね。全体量には変化がないようですから、特に問題はないのかもしれません。ただし、牧草をたくさん食べてもらえるように工夫をしていただくことがよいかもしれませんね。万病を防ぐ役目が牧草にはありますからね。