おしっこの回数が、少なくなったような印象があるのですね。ただ、お話の中には、全体の量は充分なようなこともありますので、おしっこの仕方が変わってきたという感じなのかもしれませんね。部屋に出して遊ばせる場合に、ケージの外にトイレを設けていらっしゃるのですよね。そこでおしっこすることが多くなっていることなどから、ケージの中のトイレではなく、外トイレをトイレの場所と認識してきているのかもしれません。これは、ケージの外、部屋に対して縄張りを持ってしまっているとも考えられると思います。成長段階からも、そろそろ自分の縄張りを主張してきてもおかしくないですからね。
また、環境が変わったことにより、ケージの使い方が変わったこともあると思います。巣箱をくつろぎの場にしていたのが、現在はトイレがそうなっていますから、そうすると本来のトイレの場がなくなってしまっているとも考えられますものね。
どちらかといえば大胆な性格のうさぎさんのようですから、新しいものにも直ぐに慣れているようですが、それが飼い主さんが考える使い方と違っていたということなのでしょうね。（くつろぎの場としてではなく、遊び道具と理解しているようですものね）
トイレの使い方を観察していただいて、場合によっては元のように環境を戻すこともよいかもしれませんね。みほ様のうさぎさんは、女の子ですから、特に自分持ち物にこだわることもあるのだと思います。そしてそれでもトイレの方法が変わらないというのであれば、縄張りの意味があるのだと思いますね。うさぎさんにはある程度の制限を与えてあげないと、問題行動となってその行動が現れてきますから、この場合には、うさぎさんの行動範囲とその時間などをしっかりと制限してあげながら、飼い主さんの威厳を持ってうさぎさんに対応していただきたいと思います。