新しい環境に来て間もないようですね。その２週間でケージの中の環境のうち、巣箱の中を自分のくつろぎの場所と認識していたのでしょうね。巣箱やハウスなどは隠れられるという印象がありますから、うさぎさんにとっては安心だったのかもしれません。それが突然なくなってしまい、今までにない新しいものがお目見えしたのですから、戸惑ってしまうこともあると思います。遊びなどで上手に使っているようではありますが、以前からある、馴染みのトイレにくつろぎの場所を求めてしまったのかもしれませんね。
ケージの中を変えることは、うさぎさんを取り巻く環境が変わるということですから、よく考えて、そしてうさぎさんの性格なども考慮しながら、選んでいただきたいと思いますよ。そして、ゆったり過ごす場所が変わってしまったとしても、それはうさぎさんがケージの使い方を変えたということですから、トイレのしつけなどや、トイレの上にいても、排泄物が直接着かないような衛生的な状態ならば、あまり気にされなくてもよいかとも思います。ただし、新しい環境でのうさぎさんの様子をよく観察していただきて、巣箱がないと落ち着かないような様子ならば、入れも戻してあげることも必要かもしれませんね。