そうですね、うさぎさんと一緒の空間で生活する（ケージなどの境目がなく）ことは、うさ飼いさんの夢だともいえそうですものね！ただ、放し飼いの環境には、沢山のリスクも生まれるものです。ゆうママ様がおっしゃるようなうさぎさんの行動は、縄張りを広く持ったために見られる問題行動ともいえるのですよ。行動範囲が広くなればなるほど、うさぎさんの縄張りを拡大するという本能が働きますから、それなりの行動が推測されますよね。また、自分の行きたいように動けるということは、自分の思うようにできる、自分が一番偉いと思ってしまうことも多いのです。そうなると、大変わがままなうさぎさんとなってしまい、飼い主さんが手を付けられない状態にもなってしまうことが少なくないのです。ですから、うさぎさんには飼い主さんがある程度の範囲を提供してあげることが大切で、そのことでしつけも行えるともいえるのかもしれませんよ。
ケージから放した時のトイレの使い方にまず不安があるようですから、ケージの中にすぐに戻ることが出来るぐらい（ケージを含めて一畳分あれば充分だと思います）の範囲を、サークルなどで仕切ってあげて、ひとまず様子をみていただくとよいと思いますよ。そこには、汚れてもよい環境、例えば床に染み込まないようにレジャーシートなどを敷いた上に、洗えるマットなどを敷いていただいて、おしっこをしても平気な状態を作ってあげるとよいと思います。このことにより気持ちに余裕もできますから、どのように行動範囲を使っているのか、ゆっくりうさぎさんの様子も観察出来ますしね。そして、徐々にその行動範囲を広げてみて、うさぎさんがどのように変化するのかを観察してみるとよいと思います。もし問題行動が見られるようならば、その行動範囲を狭くしてあげることや、放してあげる時間を短くしてあげたり、縄張りを制限していただくことで改善されると思います。
もちろんうさぎさんの中には、放し飼いをされていてもちゃんとトイレの時はケージの中に戻ったり、問題行動もなく飼い主さんの側で過ごす子もいますが、全てのうさぎさんがそうだとはいえませんから、ゆうママ様のうさぎさんがどのような性格なのか、、どんな行動を起こすのか、じっくり観察してみてくださいね。そしておふたりだけの生活のルールを決めていっていただくとよいのだと思いますよ！うさぎさんとの暮らしは、うさぎさんの数だけそのパターンがあると思いますからね！