下痢の原因が他に特にないということでもありますので、飼育環境に対してのストレスといえるのでしょうね。すのこが苦手なようですが、ケージの床はどのような状態なのでしょうか。トイレの場所が決まっていないようでもありますので、下網などがあるのであれば、牧草を敷いていても、糞尿が下におちてくれますので、ある程度管理はしやすいと思います。ですが、ケージの床面に直接牧草となると、糞尿に直に触れていることになりますから、衛生面からも好ましくないですし、足裏などにトラブルが起きることなども今後あるかもしれませんね。
まずはトイレのしつけをチャレンジしていただくことも必要なのだと思います。そして、もし、すのこを全面にセットしているのであれば、部分的にセットしてみて様子を見ることもよいのかもしれませんね。また、はなちゃん様のお宅にくる前の飼育環境がどうだったのか、こちらも確認していただくことで、よりうさぎさんにあった環境の糸口となるかもしれませんよ。