お話を聞きますと、よっぽど恐い思いをしたのかもしれませんね。この体験がかなりトラウマとなっているような様子が伺えます。うさぎさんはとても頭がよい動物ですから、良いことも、もしかしたらイヤな体験などは特に忘れないで覚えてしまっていることがあると思います。一度崩れてしまった信頼は、なかなか直ぐには回復できないのかもしれませんが、これまでの３年間をともに過ごしてきた実績がありますので、そのことを忘れずに、ゆっくりと信頼関係を戻していただければと思いますよ。
ゆか様のお考えのように、しばらくはそっとしてあげることも大切ですが、コミュニケーションは今までと変わらずに取っていただきたいとも思いますので、うさぎさんの恐怖心は大きくさせないように、やさしく声を掛けながら行動を起こしていただいて、驚かさないようにやさしく対応してあげましょうね。時間が掛かるかもしれませんが、焦らずゆっくり距離を縮めていっていただきたいと思います。