繁殖をするような行動、マウンティングの行為を行う場合は、うさぎさんが発情している時に見られますが、この意味は、子供を作る為の本能となわばりを広げるという本能の２つの意味があるようです。そしてうさぎさんにはこのマウンティングのような情動行為が、習慣化する性質があると思います。ですから、飼い主さんに対するマウンティングを許すと言うことは、うさぎに従属する事の意思表示であると共にうさぎの情動行動をエスカレートさせる事になると思います。
大抵の場合、これがエスカレートしてくると、更に興奮し、しまいには興奮したうえに思いっきり噛みつく事もあります。これはうさぎの攻撃ではなく、あくまでも興奮してしまって起きることだと思います。同様にひっかいたりする行動も興奮が興奮を呼び、行動がさらにエスカレートしているともいえるのだと思いますね。ですから、発情が激しくなってくる時期は、時には遊ばせる事を少なくするなどして、マウンティングする習慣の連鎖（習慣がさらに習慣化してエスカレートする）を断ち切ってあげるのがいいと思いますよ。飼い主さんとの距離を保つこともよいでしょう。ちょっとかわいそうと感じたり、コミュニケーションが図れないなどと思うかもしれませんが、飼い主さんがストレスになれば結果としてうさぎにもそのストレスは伝わりますので、興奮しないように少し訓練させてあげるのも必要だと思いますよ。
そして、トイレの場所ですが、うさぎさんにとってきちんと決まった場所となっているようですよね。そこをこちらの意図で変えるということになりますから、新しくトイレのしつけをし直すといった状況になるのだと思います。うさぎさんにとっては環境が変わることになりますので、今までと違ってあちこちおしっこや糞などをまき散らしたりする事なども考えられるかもしれませんが、気長に時間をかけて改めて覚えてもらうくらいの心つもりでトライしていただけばよいのかもしれませんね。