お話をお聞きしますと、すっかりと環境にも慣れて、自己主張もよく見られるようですね！自己主張があるということは、飼い主さんとのコミュニケーションも取れているとも考えられるのですが、一方では、ある意味わがままな面もあると捉えられそうですね。ご主人様にはなかなか懐かないといったところなども、自分が一番、またはいはいは様の次に偉いのだと思っている節もありそうですよ！こうなるとやきもちをやくような行動も、わかりますよね！しばらくご飯やおやつなど、うさぎさんとって大好きなことに繋がる行動を、ご主人様が担当されるなどで様子をみることもよいかもしれませんね。もちろんこれにはうさぎさんそれぞれで、慣れる時間も違ってくると思いますので、焦らずになおかつ諦めずに続けてみていただきたいです。
また爪切りやグルーミングを行う時の抱っこは、うさぎさんにもそれなりに覚悟してもらうことが必要ですので、うさぎさんの縄張り以外の場所で、たとえ短い時間でもいいですから飼い主さんの意思で抱っこをすることが重要ですね。いくら逃げようとしてもこればかりはダメなのだと、しっかりと理解させることもしつけのひとつといえると思います。
また、牧草主体の食事内容はとても理想的です！うさぎさんにとっては、ペレットなどの量が制限されるわけですから、もっとほしいと催促する事でしょう。ですがこの食事を管理することが、健康への第一歩でもあり、飼い主さんの役割でもあると思います。太らせるのも、適正にするのも、飼い主さん次第なのですね！うさぎさんは与えられた物の中からしか、食べる物を選べないのですからね。そして、うさぎさんによる様々な訴え（餌入れやトイレをいたずらすること）も、ある程度は飼い主さんが事前に防げることでもあります。もちろん今回のようにより賢いうさぎさんですと、かなり頭を悩ませますが、暴れたりして怪我などさせないように注意してあげることが大切ですね。
そして、今が一番やんちゃな時期でもありますから、これから落ち着いてもくると思います。問題行動は、原因や事前に防げることなど、飼い主さんがきちんと対処してあげれば、自然におさまってくるものでもあります。去勢や避妊などは、最終段階での判断として考えていただいてもよいのだとも思いますよ。もしくは、担当の獣医師に手術に関してのリスクや、その後のうさぎさんの行動の変化など、じっくりと話し合われることがよいのだと思います。