うさぎさんの行動に変化がある場合、その環境や生活パターンに以前と異なる状況があるはずです。以前との環境の変化を見つめ直して見てください。何か理由となることがあるはずです。
うさぎさんはひとつの行動をパターンのように繰り返します。この場合は、この行動がパターン化しないようにしなければなりません。うさぎさんには、ルールを決めてあげれば、そのルールに気持ちよく従ってくれるという性質があります。飼い主さんのライフスタイルにあったルールを決めて、規則正しい生活を送らせてあげましょう。
基本的には、夜中暴れるのは、「かまってかまって」攻撃です。躾をしようとして反応すれば、うさぎさんの思うつぼです。基本的な事ですが、無視する事が大切です。
物理的な環境も遮断するように、例えばカバー、パーテーションなどを考えてあげるといいかもしれません。