まずペレットですが、どういった商品なのかが具体的にわからないのですが、一般的に子供の頃から食べていたものをそのまま与えて良いかと思います。まだ3.4ヶ月とのことですので、これから体を作っていきます。十分な栄養が必要ですので、大人用はもうしばらく後ででもよいと思いますよ！
歯に対してはお考えの通りでよいと思います。ただうさぎさんの成長期に牧草の与えすぎは、成長不良をおこす場合もでてきますので、注意が必要です。だいたい朝夕、ひとつかみ程度でよいかと思います。体の成長もしっかりして、大人になったら段階で、無制限で与えた下さい。
かじり木はできれば拾ってくる物より、購入して頂いた方がよいと思います。どんな物がついていたり、染み込んだりしているかわからないわけですから、注意して頂いた方がよいと思います。市販されている物は害のある物は使用されていませんので安心です。
トイレはなかなか教えるのに苦労する場合があります。とくにおしっこですね！自分でトイレを覚えたというのは、大変お利口さんなのではないですか？新しい環境での縄張りの主張、自己主張のひとつとして、行うと言うこともあるかと思います。うんちの場合は多めに見てあげましょう！まだまだ子供ですので、興奮したりすればついつい・・・のはずです。
糞尿で汚れているというのがどういう状態なのかがわかにくいのですが、汚れを落としてあげるべきだとは思います。洗う場合は、うさぎ専用シャンプー等で顔や耳などにかからぬよう注意して行って下さい。そして速やかにドライヤーなどでしっかり乾かしてあげることが必要です。簡単な汚れならば、OYKグルーミングスプレーでも代用出来るかもしれません。
ただし、体調が思わしくなく、下痢などの場合は獣医師に診てもらう必要があります。
うさぎさんの飲み水はやはり個体ごとで変わってきます。たくさん飲むうさぎさんもいれば、少しの場合のうさぎさんもいるということです。心配であれば、違う器にもうひとつ水を準備するなど、なさってみてもよろしいかもしれません。質問頂いてから時間がたってしまいましたが、毎日の量が同じようであれば、祥さんのうさぎさんの飲む量はその量だということではないでしょうか？その量を目安として、体調管理に役立てて下さい。