そうですね、ペットホテルに預けられたことによって、飼育環境に変化があったということから、自宅に戻ってきてもその縄張りの使い方や縄張り自体の認識が今までとは違うのかもしれませんね。幸いおしっこはケージの中と変化がないようですね。このことからトイレの認識は変化がないわけですから、縄張りの主張という行為で糞をあちこちにばらまいているということが強いような気が致します。
しばらく、ケージの中だけで過ごさせたり、ケージから放す時はある程度の広さに制限して、縄張りの主張を抑えさせるべく、うさぎさんの行動範囲を狭くしてみるとよいかもしれませんね。このことでよけいな主張もいりませんから、縄張りの示しかたも違ってくると思いますよ。