お水を与えている器に糞をしてしまうようですね。こういった場合、お水を固定式の餌入れなどである程度高さを持たせてあげると、その上に乗らなければいけなくなりますから、こういった行動が少なくなるとも考えられます。
また、お水を器で与える環境は、うさぎさんの毛や牧草などですぐに汚れてしまいがちですので、こまめに変えてあげることも必要でしょう。糞をしてしまうこともありますから、頻繁に変えてあげなくてはいけませんよね。もしうさぎさんたちがボトルを使って水を飲むことができるのであれば、ボトルで与えてあげることもお考えいただいてもよいかもしれませんね。初めて使う場合は、うさぎさんの目の前で、ボトルのノズルを手で押ながら転がすようにして、「ここから、こうすれば水がでるからね！」と教えてあげてくださいね。そしてしばらくはちゃんと飲むことができるかを確認してください。器との併用で最初は試すこともよいかもしれません。
そして、おしっこは決まったところにするようですので、その場所にトイレとなるものを設置してあげてトイレのしつけをしてみましょう。また、うさぎさんは食べながら排泄することも多いですので、トイレと餌入れや牧草入れなどの位置なども考えてみるとよいと思いますよ。
性別がわからない２羽のようですので、飼育環境にも充分配慮が必要のようです。もし男の子と女の子の場合ですと、接触させたことにより繁殖行為が起こることがあります。うさぎの繁殖能力は、とても効率のよいシステム（交尾による刺激で排卵が起こる交尾刺激排卵動物となります）でできていますので、あっという間に子供が出来てしまいます。ですのでこのことからも、別々の空間で生活をさせていただきたいですね。
また性別が違っていても、縄張りの争いなどが起きることもありますので、是非それぞれのケージでの基本飼育と、遊ばせるときは一緒にさせないなどの注意が必要になるかと思います。