もともとマウンティングの行動が見られるようでしたが、マウンティングからスタンピングの行動へ習慣の連鎖が見られるようですね。この連鎖を断ち切ってあげるのがよいと思います。マウンティングの行為は、習慣とならないうちに止めさせなければいけません。この行動がエスカレートしてしまうとボールや器以外でもマウンティングを行ったり、しまいには噛みついてくる場合も出てくるかもしれませんので、やめさせたほうがよいですね。
マウンティングは、発情している時にしますが、この意味は子供を作る為の本能と、なわばりを広げるという本能の２つの意味があるようです。また発情行為も興奮状態にありますから、興奮させないような環境を作ってあげることも大切なのかもしれません。
発情が激しくなっているとも考えられますから、遊ばせることを少なくするなどして、制限してあげることも必要かもしれませんね。縄張りに対しての意味であっても、効果があると思います。そして、ちょこ太ママ様もお考えのように、ボールも器も取り出して、マウンティングやスタンピングなどの問題行動をさせないことが必要かもしれません。ちょっとかわいそうに思うかもしれませんが、うさぎさんのためのことですから、この気持ちもうさぎさん本人にちゃんと伝えながら、興奮しないように少し訓練させてあげるのも必要だと思いますよ。
スタンピングの意味としては、怒っている時や仲間に合図をおくる場合があるようです。今回の場合は、マウンティングとの連鎖の行動などで、習慣化してしまっているとも考えられますし、うさぎさんの自己主張のひとつで、「遊ばせて～！ケージから出して！」との意味にも考えられるかもしれません。日中充分な運動時間や空間があるわけですから、ここで夜もやりたい放題とはいきませんよね！もしろ、日中の運動時間や範囲を制限してあげて、新しい生活環境を作ってあげることなども考えていただいてもよいのかもしれませんよ。
うさぎさんの飼育環境は、うさぎさん主導ではなく飼い主さんが作りだして、管理してあげるものです。どうぞ生活全体を見ながら、うさぎさんのやりたい放題ではない環境をうさぎさんに覚えてもらってくださいね。