そうですね、うさぎさんのやりたい放題が通用していたところに、その行動を制限しているわけですから、うさぎさんにとっては面白くないことなのだと思いますね。岡村様ご自身もわかっておられるように、このまましつけをし直すということ以外ないのだと思います。
行動範囲をしっかり管理してあげて、うさぎさんが要求してきてもそれに応じないことが大切ですね！サークルをいくつかお持ちのようですので、ケージの周りにある程度の範囲を作って囲ってあげたうえに、上部もサークルでしっかりと蓋をするようにしてみてもよいかもしれませんね。もちろんうさぎさんにとっては、ベットに行けないと騒ぐかもしれませんが、ケージにプラスアルファの範囲が確保されますから、少しは大人しくしてくれるかもしれません。そして、しばらくはその環境で外に出さないようにするなども良いかもしれませんね。足ダンやケージを囓る行為は、ソアホックや歯の疾患などを招く場合がありますから、うさぎの座ぶとんや、かじり木やすのこなどで事前に防いであげることも大事かもしれません。
うさぎさんはなんでも習慣化させますから、出られないということがわかれば、新しい環境をきちんと理解してくれることと思いますよ！そしてそのことをちゃんとうさぎさんにも伝えてあげてくださいね！根気も必要かもしれませんが、どうぞ頑張ってくださいね！