生後２ヶ月とまだ小さいこともありますので、受診のために環境が変わったことや、ぷぅ様のお考えのように注射自体のストレスで、お腹の調子がよくないとも考えられますよね。
獣医師よりの副作用といわれる状態よりもひどいような感じだったり、今後食欲やうさぎさんの様子などに変化が見られたりする場合は、迷わず獣医師に相談してくださいね！子うさぎのときの症状は、あっという間に変わることがありますので、少しでも不安なことがある場合は、様子をみるというよりも獣医師にご連絡をとることが必要です。
あまりお力になれずに申し訳ございません。